ДНК-ЧИПЫ ПОЗВОЛЯЮТ
1) определять активность изоферментов цитохрома Р-450 и транспортёров лекарственных средств
2) проводить фармакопротеомный анализ
3) последовательно определять носительство отдельных аллельных вариантов генов, ответственных за изменение фармакологического ответа
4) одномоментно определять несколько (вплоть до тысяч) аллельных вариантов генов, ответственных за изменение фармакологического ответа (+)
ДНК-чипы (микроматрицы) в фармакогенетике ценны тем, что позволяют за один анализ просканировать множество известных генетических вариантов (SNP/аллели), связанных с изменением эффективности и безопасности лекарств. Это удобно, когда нужно оценить сразу несколько генов метаболизма и транспорта (например, разные варианты в CYP, UGT, SLCO, ABC и др.) и быстро получить профиль риска: где вероятнее повышенная токсичность, недостаточный эффект или необходимость коррекции дозы/выбора препарата.
В отличие от последовательного тестирования по одному гену/варианту (когда каждый анализ делается отдельно), микроматрица содержит множество зондов и одновременно проверяет десятки–сотни–тысячи заранее заданных аллельных вариантов. Поэтому она подходит именно для одномоментного определения большого числа вариантов, влияющих на фармакологический ответ, а не для фармакопротеомики и не для прямого измерения активности ферментов (это уже функциональные/биохимические методы или экспрессионные панели в другом формате).
| Что оцениваем | Тип метода | Что даёт результат | Примеры применений в фарме | Ограничения |
|---|---|---|---|---|
| Множество аллельных вариантов генов (SNP/инделы) | ДНК-чип (генотипирование микроматрицей) | Одномоментный профиль генетических рисков: метаболизм/транспорт/мишени | Подбор доз (в т.ч. быстрый/медленный метаболизм), оценка риска ADR, выбор препарата | Видит только заранее включённые варианты; редкие/новые мутации может пропустить |
| Один конкретный вариант/ген | ПЦР-генотипирование / отдельный тест | Точный ответ по одному маркеру | Таргетный тест при строгих показаниях (когда важен один ген/аллель) | Нужно выполнять последовательно много тестов, если маркеров несколько |
| Экспрессия генов (уровни мРНК) | Экспрессионные панели / RNA-методы | Функциональная активность на уровне транскриптов (косвенно) | Оценка ответа тканей/опухоли, стратификация пациентов | Зависит от ткани, времени, терапии; не равно генотипу и не всегда отражает ферментную активность |
| Белки и их модификации | Фармакопротеомика (МС/иммуноанализы) | Реальные уровни белков, изоформ, посттрансляционные изменения | Биомаркеры эффективности/токсичности, мониторинг состояния | Сложнее, дороже; требует стандартизации и часто не заменяет генотипирование |
| Ферментная активность CYP и работа транспортёров | Фенотипирование (пробные субстраты), биохимические/функциональные тесты | Текущая функциональная активность с учётом лекарственных взаимодействий и состояния пациента | Проверка индукторов/ингибиторов, оценка клиренса в реальном времени | Зависит от сопутствующих лекарств, печени/почек, питания; результат может меняться |