ДВИЖЕНИЕ БЕЗНАЛИЧНЫХ ДЕНЕЖНЫХ СРЕДСТВ АПТЕКИ ОТРАЖАЮТ В
1) счете расчеты с подотчетными лицами
2) платежном поручении
3) счете расчетный счет (+)
4) счете касса

Верный выбор — счёт расчётный счёт (51): именно на нём бухгалтер отражает поступления от эквайринга, перечисления поставщикам лекарств, банковские комиссии и прочие безналичные движения. Платёжное поручение — это лишь первичный документ для списания/зачисления, а касса (50) и расчёты с подотчётными лицами (71) относятся к наличным и авансовым операциям, поэтому для безнала аптеки не применяются.

На практике фарм-организации ведут детальную аналитику к 51 счёту по банкам и договорам: отдельно контролируют поступления за онлайн-продажи, расчёты с дистрибьюторами, возвраты покупателям и комиссии эквайринга. Это упрощает сверки с выписками банка и снижает риски ошибок при НДС и управленческой отчётности.

Тип операции	Документ-основание	Дебет	Кредит	Комментарий (для аптеки)
Поступление выручки по эквайрингу	Выписка банка, реестр эквайера	51 Расчётный счёт	90.1/62	Оплата картой за ЛС и сопутствующие товары
Списание комиссии эквайринга	Выписка банка	44/91.2	51	Банковские услуги за приём карт
Оплата поставщику лекарств	Платёжное поручение	60	51	Расчёты с оптовыми дистрибьюторами
Возврат покупателю (безнал)	РКО/акт возврата + выписка	62/90.1	51	Отмена продажи по карте
Зачисление онлайн-продаж (интернет-аптека)	Акт агрегатора, выписка	51	62	Маркетплейс/доставка
Перечисление зарплаты (карт-проект)	Реестр на выплату	70	51	Безналичная выплата персоналу
Налоги и взносы	Платёжное поручение	68/69	51	НДС, страховые взносы и др.
Поступление займа/кредита	Договор, выписка	51	66/67	Финансирование оборота
Начисление процентов банку	Выписка банка	91.2	51	Обслуживание кредита/овердрафта

Итог: все безналичные потоки аптеки проходят по счёту 51, а платёжное поручение фиксирует намерение списания/зачисления и служит основанием для записи.