ПРАВИЛА ВЕДЕНИЯ И ХРАНЕНИЯ СПЕЦИАЛЬНЫХ ЖУРНАЛОВ РЕГИСТРАЦИИ ОПЕРАЦИЙ, СВЯЗАННЫХ С ОБОРОТОМ ПРЕКУРСОРОВ НАРКОТИЧЕСКИХ СРЕДСТВ И ПСИХОТРОПНЫХ ВЕЩЕСТВ, УТВЕРЖДЕНЫ
1) постановлением Правительства РФ от 04.11.2006 № 644
2) постановлением Правительства РФ от 09.06.2010 № 419 (+)
3) приказом Минздрава России от 17.06.2013 № 378н
4) приказом Минздрава России от 12.11.1997 № 330

Для аптечной организации ключевое — вести специальный журнал по прекурсорам так, чтобы каждая операция (прием, отпуск, перемещение, списание/уничтожение, возврат) была прослеживаема: пронумерованные и прошнурованные страницы, подписи ответственных лиц, указание даты, наименования вещества (и концентрации, если применимо), количества и единиц измерения, документа-основания и контрагента. Журнал хранят в месте с ограниченным доступом; исправления вносят только зачёркиванием с датой и подписью, без замазывания. Это нужно и для внутреннего контроля, и для проверок надзорных органов.

Нормативное основание именно для этих журналов — постановление Правительства РФ от 09.06.2010 № 419: оно утверждает правила ведения и хранения специальных журналов по операциям с прекурсорами НС и ПВ. Другие упомянутые акты касаются иных вопросов и не устанавливают соответствующие правила журналов. Следовательно, верен вариант 2.

Нормативный акт	Номер	Дата	Ключевой предмет регулирования	Относится к журналам прекурсоров?
Постановление Правительства РФ	№ 644	04.11.2006	Иные вопросы госрегулирования в сфере НС/ПВ (не утверждает правила указанных журналов)	Нет
Постановление Правительства РФ	№ 419	09.06.2010	Правила ведения и хранения специальных журналов регистрации операций с прекурсорами НС и ПВ	Да (верный вариант) ✔
Приказ Минздрава России	№ 378н	17.06.2013	Иные вопросы здравоохранения/лекарственного обеспечения (не про специальные журналы прекурсоров)	Нет
Приказ Минздрава России	№ 330	12.11.1997	Исторически — вопросы назначения/отпуска ЛС (утратил силу в части; не про журналы прекурсоров)	Нет

Итог: руководствуйтесь постановлением Правительства РФ от 09.06.2010 № 419.