Стоимость товаров, пришедших в негодность (списание),в конце отчетного периода отражается в

СТОИМОСТЬ ТОВАРОВ, ПРИШЕДШИХ В НЕГОДНОСТЬ (СПИСАНИЕ),В КОНЦЕ ОТЧЕТНОГО ПЕРИОДА ОТРАЖАЕТСЯ В
1) кассовой книге организации
2) расходной части товарного отчета (+)
3) приходной части товарного отчета
4) журнале кассира-операциониста

Списание испорченных товаров относится к учёту движения товарных запасов, а не к денежным операциям. Поэтому корректно фиксировать такие потери именно как расход товара: их выводят из остатка, уменьшая товарную массу и отражая причину выбытия (порча, истёкший срок годности, бой и т. п.). Это делается в расходной части товарного отчёта, где показатель участвует в расчёте остатка на конец периода и согласуется с актами списания и внутренними приказами.

Кассовые документы и журналы кассира предназначены для учёта наличных операций, а приходная часть товарного отчёта показывает поступление, а не выбытие. Поэтому выбор расходной части товарного отчёта — единственный методически верный способ показать списание, обеспечить прослеживаемость причин и подтвердить законность уменьшения товарного остатка.

Ситуация Первичный документ Где отражается Статья/причина расхода Комментарий для провизора/фармацевта
Порча товара (бой флаконов) Акт о списании (комиссия) Расходная часть товарного отчёта Потери от порчи/боя Фотофиксация и описание количества обязательны
Истёкший срок годности Акт браковки/списания Расходная часть товарного отчёта Просрочка Партийный учёт и серийные номера для прослеживаемости
Непригодность из-за нарушенного холодовой цепи Акт несоответствия условий хранения Расходная часть товарного отчёта Нарушение хранения Приложить распечатки терморегистратора
Возврат поставщику (брак при поставке) Накладная на возврат Расходная часть товарного отчёта Возврат поставщику Отразить как расход, затем как приход при замене/зачёте
Инвентаризационная недостача Инвентаризационная опись и сличительная ведомость Расходная часть товарного отчёта Недостачи Дальнейшее урегулирование: за счёт МОЛ или прочие расходы
Естественная убыль (сыпучие/летучие вещества) Расчёт по нормам убыли Расходная часть товарного отчёта Нормы естественной убыли Применять только по утверждённым нормам и кодам
Поступление товара Счёт-фактура, товарная накладная Приходная часть товарного отчёта Приход Для контраста: это не списание и не расход
Выручка от продаж (наличные) ККМ чек, Z-отчёт Журнал кассира-операциониста, кассовая книга Денежные операции Не относится к товарному списанию

Итого: списание негодных товаров фиксируем в расходной части товарного отчёта (вариант 2).